经营收入是事业单位在专业业务活动及其辅助活动之外开展非独立核算经营活动所取得的收入。会计核算时必须明确两点：一是，经营活动的收入而非专业活动收入，取得时不得计入“事业收入”。二是，组织收入的是附属的非独立核算单位，而不是独立核算单位。
非独立核算是相对于独立核算而言的。独立核算应同时具备三个条件：在管理上有独立的组织形式，具有一定数量的资金，且在当地银行开户；独立进行经营活动，并能同其他单位单独订立经济合同；独立计算盈亏。显然，经营收入不是独立核算单位获取的收入，而是由事业单位对社会提供服务取得的由单位集中核算的收入，支出亦然。
经营收入的账务处理如下：
1. 对外销售货物或提供劳务时：
(1)一般纳税人的事业单位 借：银行存款、应收账款等 贷：经营收入———×××应交税费———应交增值税(销项税额)
我国从2009年1月1日起实行消费型增值税。增值税一般纳税人采用“税款抵扣法”计算应纳税额，即：一般纳税人应纳增值税=当期销项税额-当期进项税额-上期尚未抵扣的进项税额。另外，为了正确核算增值税，一般纳税人的事业单位应在“应交税费”一级科目下设“应交增值税”二级科目，再在“应交增值税”下至少设置“销项税额”、“进项税额”、“进项税额转出”和“已交税金”等四个三级科目。其中，当购进的非自用材料发生盘亏、毁损、报废、对外捐赠、无偿调出等税法规定不得抵扣进项税额的情况时，应计入“进项税额转出”明细账。
(2)小规模纳税人的事业单位 借：银行存款、应收账款等 贷：经营收入———×××应交税费———应交增值税需注意两个问题：一是小规模纳税人不实行“税款抵扣法”，因此，在具体核算增值税时在“应交税费”科目下只设“应交增值税”一个明细科目即可。二是小规模纳税人的经营收入是“倒计”的，首先把含税销售额(商品单价×销售数量)换算为不含税销售额，其次，根据不含税销售额直接乘以征收率(3%),其乘积即为增值税额，然后用含税销售额踢出增值税额的差即为经营收入。
(3)其他事业单位 借：银行存款、应收账款等 贷：经营收入———×××
2. 计算其他税费时： 借：经营支出———税费支出 贷：应交税费———应交××税
3. 发生折扣折让时： 借：经营收入经营支出———现金折扣应交税费———应交增值税(销项税额) 贷：银行存款或应交税费———应交增值税(销项税额)
4. 期末转账时： 借：经营收入 贷：经营结余。