事业单位应严格区分财政补助结转结余与非财政补助结转结余。财政补助结转结余不参与事业单位的结余分配，也不转入事业基金，而是单独设置“财政补助结转”和“财政补助结余”科目进行核算。而非财政补助结转结余则通过设置“非财政补助结转”、“事业结余”、“经营结余”、“非财政补助结余分配”等科目进行核算。
(一) 财政补助结转结余的核算
1. 财政补助结转资金是指当年支出预算已执行但尚未完成或因故未执行，下年需按原用途继续使用的财政补助资金。它包括基本支出结转和项目支出结转。 2. 财政补助结余资金是指支出预算工作目标已完成，或由于受政策变化、计划调整等因素影响工作终止，当年剩余的财政补助资金。它是财政补助项目支出结余资金。 3. 事业单位应按照有关部门预算管理的规定，使用和管理财政补助结转资金和结余资金。 4. 财政补助结转的核算：事业单位设置“财政补助结转”科目，核算滚存的财政补助结转资金。该科目下设置“基本支出结转”、“项目支出结转”两个明细科目，并在“基本支出结转”明细科目下按照“人员经费”、“日常公用经费”进行明细核算，在“项目支出结转”明细科目下按照具体项目进行明细核算；本科目还应按照《政府收支分类科目》中“支出功能分类科目”的相关科目进行明细核算。 5. 年末，完成上述财政补助收支结转后，应当对财政补助各明细项目执行情况进行分析，按照有关规定将符合财政补助结余性质的项目余额转入财政补助结余。 6. 按规定上缴财政补助结转资金或注销财政补助结转额度的，按照实际上缴资金数额或注销的资金额度数额，借记“财政补助结转”科目，贷记“财政应返还额度”、“零余额账户用款额度”、“银行存款”等科目。取得主管部门归集调入财政补助结转资金或额度的，做相反会计分录。 7. 财政补助结余的核算：事业单位设置“财政补助结余”科目，核算事业单位滚存的财政补助项目支出结余资金。 8. 年末，对财政补助各明细项目执行情况进行分析，按照有关规定将符合财政补助结余性质的项目余额转入财政补助结余。 9. 按规定上缴财政补助结余资金或注销财政补助结余额度的，按照实际上缴资金数额或注销的资金额度数额，借记“财政补助结余”科目，贷记“财政应返还额度”、“零余额账户用款额度”、“银行存款”等科目。取得主管部门归集调入财政补助结转资金或额度的，做相反会计分录。
(二) 非财政补助结转的核算
1. 非财政补助结转资金是指事业单位除财政补助收支以外的各专项资金收入与其相关支出相抵后剩余滚存的、须按规定用途使用的结转资金。 2. 期末，事业单位应当将除财政补助收支以外的各专项资金收支结转入“非财政补助结转”科目。根据事业收入、上级补助收入、附属单位上缴收入、其他收入本期发生额中的专项资金收入，借记“事业收入”、“上级补助收入”、“附属单位上缴收入”、“其他收入”科目下各专项资金收入明细科目，贷记“非财政补助结转”科目；根据事业支出、其他支出本期发生额中的非财政专项资金支出，借记“非财政补助结转”科目，贷记“事业支出一非财政专项资金支出”或“事业支出-项自支出(非财政专项资金支出)”、“其他支出”科目下各专项资金支出明细科目。 3. 年末，完成非财政补助专项资金结转后，应当对非财政补助专项结转资金各项目情况进行分析，将已完成项目的项目剩余资金区分以下情况处理：缴回原专项资金拨入单位的，借记“非财政补助结转”科目，贷记“银行存款”等科目；留归本单位使用的，借记“非财政补助结转”科目，贷记“事业基金”科目。
(三) 非财政补助结余的核算
1. 非财政补助结余包括事业结余和经营结余。事业结余是事业单位一定期间除财政补助收支、非财政专项资金收支和经营收支以外各项收支相抵后的余额。经营结余是事业单位一定期间各项经营收支相抵后余额弥补以前年度经营亏损后的余额。 2. 事业结余的核算：事业单位设置“事业结余”科目。期末，事业单位应当结转本期事业收支。年末，将“事业结余”科目余额结转入“非财政补助结余分配”科目。 3. 经营结余的核算：事业单位设置“经营结余”科目。期末，事业单位应当结转本期经营收支。年末，如“经营结余”科目为贷方余额，将余额结转入“非财政补助结余分配”科目。 4. 非财政补助结余分配的核算：事业单位设置“非财政补助结余分配”科目，核算事业单位本年度非财政补助结余分配的情况和结果。年末，将“事业结余”科目余额与“经营结余”科目贷方余额转入“非财政补助结余分配”科目后，要按照规定进行结余分配。有企业所得税缴纳义务的事业单位计算出应缴纳的企业所得税，借记“非财政补助结余分配”科目，贷记“应缴税费-应缴企业所得税”科目。按照有关规定提取职工福利基金的，按提取的金额，借记“非财政补助结余分配”科目，贷记“专用基金--职工福利基金”科目。然后，将“非财政补助结余分配”科目余额结转入事业基金。