外贸企业在申报出口退税时，可以使用经过税务机关审核并允许纳税人抵扣其进项税额的增值税专用发票作为申报凭证。具体来说，根据不同的情况，外贸企业需要提供相应的资料来申报出口退税：
1. 如果外贸企业丢失了已开具增值税专用发票的发票联和抵扣联，在增值税专用发票认证相符后，可以凭增值税专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
2. 如果外贸企业丢失了已开具增值税专用发票的抵扣联，在增值税专用发票认证相符后，可以凭增值税专用发票发票联复印件向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
3. 如果外贸企业取得了失控增值税专用发票，并且销售方已经申报并缴纳了税款，那么可以由销售方主管税务机关出具书面证明，并通过协查系统回复购买方主管税务机关。在这种情况下，外贸企业可以凭增值税专用发票向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
4. 如果外贸企业取得了稽核比对结果属于异常的增值税专用发票，那么可以凭增值税专用发票向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
5. 如果外贸企业取得了逾期增值税扣税凭证，那么可以凭增值税专用发票（原件丢失的情况下，可以使用增值税专用发票复印件）向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
各地税务机关在审核外贸企业提供的经过税务机关审核允许纳税人抵扣其进项税额的增值税专用发票时，应当认真核对税务机关内部允许抵扣资料，并在出口退税审核系统中比对增值税专用发票稽核比对信息、审核检查信息和协查信息。只有在增值税专用发票信息比对无误的情况下，才能按照现行出口退税规定办理出口退税。
需要注意的是，本公告自2012年6月1日起生效。在此之前，如果外贸企业已经取得了经税务机关审核允许纳税人抵扣其进项税额的增值税专用发票，并且已经申报办理了出口退税，那么仍然需要按照本公告规定和现行出口退税规定办理出口退税事宜。