处理一方认证一方作废的增值税专用发票时，必须严格遵守相关规定。首先，必须在开票当月月底之前，并且必须收回所有联次，才允许作废发票。如果未能按照规定时间或条件作废，将被视为违规作废，税务机关有权根据发票管理办法的规定进行处罚。
详细处理步骤如下：
1. 如果购买方已经将发票认证，并且信息已上传，那么无法删除该发票。此时，销售方点击了发票作废，总局将通过《增值税抵扣凭证审核检查管理系统》下发核查信息给购货方的主管税务机关核实原因。
2. 购买方需要在当月进行进项税额转出申报处理，即调整其进项税额，以反映未抵扣的情况。
3. 销售方需要按照作废后的销售情况申报缴纳增值税，以确保税收合规。
