在处理第二种招投标“甲供材”现象的工程结算时，存在两种主要方法：“总额结算法”和“差额结算法”。
1. 第一种方法，即“总额结算法”，指的是发包方将购买的“甲供材”金额计入施工企业的销售额或结算价中。这种方法下，施工企业需要按照包含“甲供材”金额的结算额向发包方开具增税发票。
2. 然而，这种方法可能导致发包方和施工企业面临税收风险。对于发包方而言，由于“甲供材”成本被两次抵扣增值税进项税额（一次是供应商提供，另一次是施工企业使用），这可能被视为重复抵扣，违反税务规定。如果被发现，发包方可能需要补交税款并接受处罚。
3. 对于施工企业，由于没有收到“甲供材”的成本发票，它们无法抵扣相关的增值税进项税额，只能申报支付增值税销项税额。此外，如果地方税务机关坚持“唯发票论”，施工企业可能无法在企业所得税前扣除这部分费用。
4. 相比之下，“差额结算法”避免了上述风险。在这种模式下，“甲供材”部分不计入施工企业的销售额和结算价，施工企业只需按不含“甲供材”的金额开具发票给发包方。这样，双方都不会产生额外的税收负担。
5. 因此，建议采用“差额结算法”进行第二种“甲供材”现象的工程结算，以减少税务风险并确保双方的合法权益得到保护。
