根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条规定，以下项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
1. 用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人的购进货物或者应税劳务； 2. 非正常损失的购进货物及相关的应税劳务； 3. 非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务； 4. 国务院财政、税务主管部门规定的纳税人自用消费品。
实施细则第二十四条规定，条例第十条第（二）项所称非正常损失，是指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。
根据上述规定，在增值税处理方面，由于贵公司生产不合格品所产生的损失不属于非正常损失，不需要作进项税转出。
根据《企业所得》第八条规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。实施条例第三十二条规定，企业所得税法第八条所称损失，是指企业在生产经营活动中发生的固定资产和存货的盘亏、毁损、报废损失，转让财产损失，呆账损失，坏账损失，自然灾害等不可抗力因素造成的损失以及其他损失，企业发生的损失，减除责任人赔偿和保险赔款后的余额，依照国务院财政、税务主管部门的规定扣除。
又依[2009]57号关于企业资产损失税前扣除政策的通知第一条，本通知所称资产损失，是指企业在生产经营活动中实际发生的、与取得应税收入有关的资产损失，包括现金损失，存款损失，坏账损失，贷款损失，股权损失，固定资产和存货的盘亏、毁损、报废、被盗损失，自然灾害等不可抗力因素造成的损失以及其他损失。第十三条规定，企业对其扣除的各项资产损失，应当提供能够证明资产损失确属已实际发生的合法证据，包括具有法律效力的外部证据、具有法定资质的中介机构的经济鉴证证明、具有法定资质的专业机构的技术鉴定证明等。
根据企业所得税法的相关规定，贵公司所发生的上述损失，应当提供能够证明资产损失确属已实际发生的合法证据，包括具有法律效力的外部证据、具有法定资质的中介机构的经济鉴证证明、具有法定资质的专业机构的技术鉴定证明等，在计算应纳税所得额时扣除。