根据《国务院关于修改〈中华人民共和国个人所得税法实施条例〉的决定》（国务院令第600号）第八条的规定，税法第二条所说的各项个人所得的范围：（六）特许权使用费所得，是指个人提供专利权、商标权、著作权、非专利技术以及其他特许权的使用权取得的所得；提供著作权的使用权取得的所得，不包括稿酬所得。因此，根据特许权使用费的征收范围，公司支付给个人的证书使用费应按照“特许权使用费所得”项目代扣代缴个人所得税。
首先，需要明确的是，特许权使用费所得包括了个人通过提供专利权、商标权、著作权、非专利技术以及其他特许权的使用权而获得的所得。这其中，著作权的使用权所得并不包括稿酬所得。
其次，对于公司支付给个人的证书使用费，应当按照“特许权使用费所得”项目进行代扣代缴个人所得税。这是因为，证书使用费属于特许权使用费的一种形式，因此应当按照相应的税率进行征税。
最后，值得注意的是，虽然特许权使用费所得包括了多种形式的收入，但是并非所有与著作权相关的收入都算作特许权使用费所得。例如，稿酬所得就不在特许权使用费所得的范围内。因此，在处理与著作权相关的税务问题时，需要仔细区分不同类型的收入，并按照规定进行申报和缴纳税款。
