《企业所得税法实施条例》（国务院令第512号）第三十四条明确指出，企业所发生的合理的工资薪金支出，可以作为税前扣除项目。
根据《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函[2009]3号）的第一条内容，《企业所得税法实施条例》第三十四条中提到的“合理工资薪金”，是指企业根据股东大会、董事会、薪酬委员会或相关管理机构制定的工资薪金制度向员工实际支付的薪资。税务机关在确认工资薪金合理性时，可依据以下原则进行判断：(一)企业建立了规范的员工工资薪金制度；(二)企业制定的工资薪金制度与行业和地区水平相符；(三)企业在一段时间内发放的工资薪金保持相对稳定，且调整过程有序进行；(四)企业已依法履行代扣代缴个人所得税的义务。(五)有关工资薪金的安排不应以减少或逃避税款为目的。
此外，《国家税务总局关于雇主为雇员承担全年一次性奖金部分税款有关个人所得税计算方法问题的公告》（国家税务总局公告2011年第28号）第四条规定，雇主为雇员负担的个人所得税款应计入个人工资薪金的一部分。若该部分费用单独作为企业管理费列支，则在计算企业所得税时不得从税前扣除。
综上所述，贵公司若通过“应付职工薪酬”科目核算员工工资中的个人所得税部分，则这部分属于工资薪金的一部分，可以从企业所得税前扣除。反之，若未通过“应付职工薪酬”科目核算，而是将该部分费用单独计入管理费，则不得从企业所得税前扣除。
