在《三角洲行动》游戏中，航天基地的隐秘协议箱的具体位置如下：
1、S1协议箱：位于宿舍楼三号楼的一楼，玩家需要找到摩斯密码门，并成功解密摩斯密码（密码为768），才能开启大门并获得协议箱，这个协议箱中的奖励是SG552枪械涂装。
2、S2协议箱：位于黑室的一楼，同样，玩家需要找到并解开摩斯密码门（密码为7425，也有说法称需通过听电码获得密码），进入房间后即可找到协议箱，这个协议箱中的奖励是金色5级甲。
3、S3协议箱：位于组装室的二楼，玩家需要在该楼层找到摩斯密码门，并输入固定的密码5489来开启门，进入后，玩家就可以找到这个协议箱，其中的奖励是SKS枪械涂装。
航天基地的隐秘协议箱分别位于宿舍楼三号楼一楼、黑室一楼和组装室二楼，玩家需要通过解密摩斯密码门来获取这些协议箱及其中的奖励，这些位置和密码可能会因游戏更新而发生变化，建议玩家在游戏中自行探索或参考最新的游戏攻略。
