个税申诉对单位有影响。
核实是否存在虚支付工资，虚列成本费用，如果存在，那么就是偷税，按定补税处罚，然后调整企业所得税申报表，虚列的工资薪金不允许企业所得税前扣除，纳税调增。如果被申诉的内容不是实际情况，可以到当地税务部门申请复核，将具体情况陈述清楚就行。
