自营出口是企业取得自营出口权通过自己的海关代码出口，企业不通过第三方直接与国外企业进行交易的出口方式，委托出口，是间接的通过签订《代理协议》委托第三方与国外企业进行交易，进行出口贸易的方式。
1.商品的所有权不同：自营进出口商品的所有权属于外贸进出口企业，代理进出口商品的所有仅属于委托办理进出口的单位。
2.财务结算方式不同：如果是自营进出口，外贸企业与国内工商企业是商品购销关系，盈亏都由外贸企业负担；如果是代理进出口，外贸企业与国内委托单位是委托代理关系，进出口商品的盈亏都由委托单位负担，外贸企业只收取一定比例的代理进出口手续费。
