零余额账户是财政部门为政府机构和预算单位在商业银行设立的特定账户，旨在实现财政直接支付、授权支付及清算。具体而言，财政部门开设的零余额账户专门用于处理直接支付事务。此类账户内发生的每笔支付，需在当日营业结束前与国库单一账户完成清算；若单笔支付金额达到或超过5000万元人民币，则应立即进行清算。财政部管理的零余额账户在国库会计体系中发挥重要作用。另一方面，预算单位拥有的零余额账户则负责执行由财政部门授权的资金支出操作。这些账户中的每日交易同样需要在银行营业日结束时，通过代理银行按照财政部设定的额度限制与国库单一账户进行清算。所有通过财政授权的转账活动均需通过预算单位的零余额账户来完成。这类账户不仅适用于行政单位会计记录，也广泛应用于事业单位会计系统中。
值得注意的是，零余额账户享有等同于普通人民币存款的支付结算能力。因此，预算单位的零余额账户能够支持包括转账、汇款、委托收款以及现金提取在内的多种支付结算服务。当预算单位在当地商业银行设立此类账户时，主要是为了便于执行财政授权下的支付任务，并且确保与国库单一账户之间保持顺畅的清算流程。由于该账户设计上不允许有隔夜余额存在，因而得名“零余额账户”。实际操作中，从每天上午9:00（国库单一账户系统开启时间）至下午15:30（关闭时间），所有财政支出都通过此账户执行，随后便立即清算至国库单一账户，从而实现真正的“零余额”状态。
