跨地区经营的建筑企业总机构预缴企业所得税的规定如下：
1. 实行总分机构体制的跨地区经营建筑企业，必须严格执行国税发[2008]28号文件的规定。具体来说，应采用“统一计算，分级管理，就地预缴，汇总清算，财政调库”的办法来计算缴纳企业所得税。
2. 对于建筑企业所属二级或二级以下分支机构直接管理的项目部（包括与项目部性质相同的工程指挥部、合同段等），无需就地预缴企业所得税。这些项目部的经营收入、职工工资和资产总额应汇总到二级分支机构进行统一核算，并由二级分支机构按照国税发[2008]28号文件规定的办法预缴企业所得税。
3. 对于建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。
