在处理企业医药费用时，应遵循以下原则：
1. 管理行政部门发生的医药费计入管理费用科目。
2. 业务部门发生的医药费计入销售费用科目。
3. 生产部门等发生的医药费计入制造费用科目。
若企业未参加医疗统筹(社保)，员工报销的个人医药费可以列入职工福利费，按规定在企业所得税税前扣除；若企业已参加医疗统筹(社保)，在缴纳医疗保险费之外又给员工报销医疗费用，不能在企业所得税前扣除。
企业应当在实际发生时根据实际发生额编制分录：
借：制造费用、管理费用、销售费用等，
贷：应付职工薪酬—职工福利费，
借：应付职工薪酬—职工福利费，
贷：库存现金、银行存款。
