在会计处理中，当自产产品用于在建工程时，需要进行相应的账务调整。具体步骤如下：
1. 借记“在建工程”科目，反映在建工程的成本增加。
2. 贷记“库存商品”科目，减少库存商品的账面价值，以反映自产产品被用于在建工程的事实。
根据税法规定，企业将自产产品用于在建工程支出时，由于资产所有权属在形式和实质上均不发生改变，可作为内部处置资产，不视同销售确认收入，相关资产的计税基础延续计算。《关于企业处置资产所得税处理问题的通知》国税函〔2008〕828号明确指出：
（一）将资产用于生产、制造、加工另一产品；
（二）改变资产形状、结构或性能。
以上两种情况下，企业可以不视同销售确认收入，相关资产的计税基础延续计算。这意味着企业在进行这些操作时，不需要额外缴纳所得税。
总之，当企业将自产产品用于在建工程时，需要按照上述步骤进行会计处理，并根据税法规定进行税务处理。这样可以确保企业的财务记录准确无误，同时也符合税收法规的要求。
