根据《国家税务总局关于外贸
企业使用增值税专用
发票办理出口退税有关问题的公告》（国家税务总局公告2012年第22号）的相关规定，外贸企业在处理丢失已开具的增值税专用发票抵扣联时，可以按照以下流程进行操作。
首先，当外贸企业发现其持有的增值税专用发票抵扣联不慎遗失，且该发票已通过认证相符（即企业可以使用发票联进行认证），那么企业有权凭借增值税专用发票的发票联复印件向主管出口退税的税务机关提出出口退税申请。
其次，在提交申请的过程中，主管税务机关需对增值税专用发票进行仔细审核，并核对内部允许抵扣的资料。这一步骤是确保所有信息准确无误的关键。此外，税务机关还需在出口退税审核系统中比对增值税专用发票的稽核比对信息、审核检查信息以及协查信息，以确保发票的真实性和有效性。
最后，一旦确认增值税专用发票的信息无误，税务机关将按照现行的出口退税规定为外贸企业办理出口退税手续。值得注意的是，在此过程中，发票联复印件上无需供货企业加盖发票章，也不需要所属税务机关盖章。
综上所述，外贸企业在面对增值税专用发票抵扣联丢失的情况时，可以依据上述流程和规定，有效地处理出口退税事宜。
