依据《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称《征管法》）第五十一条的规定，当纳税人缴纳的税款超过应缴税额时，税务机关有责任立即进行退还。若纳税人在结算缴税之日起三年内发现此情况，他们有权要求税务机关退还多缴的税款，并加上同期银行存款利息。一旦税务机关查实无误，便应当立即执行退款。
企业若因未在当期扣除应扣除的税费而导致多缴税款，可以在以后的年度中申请追补确认和退还。然而，根据权责发生制原则，这种追补不得改变税费扣除的所属年度，而是应该追溯至该项目发生的年度来扣除。
关于追补确认期的确定，《征管法》第五十二条第二款和第三款提供了指导。如果是因为计算错误等失误导致未缴或少缴税款，税务机关可以在三年内追征税款和滞纳金；特殊情况下，追征期可以延长至五年。对于偷税、抗税或骗税行为，税务机关追征其未缴或少缴的税款、滞纳金或所骗取的税款，不受上述期限的限制。基于权利和义务对等的原则，可以将追补确认期限设定为5年。
此外，根据《国家税务总局关于发布的公告》（税务总局公告[2011]25号）第六条的规定，企业以前年度未扣除的资产损失也可以追补确认，其追补确认期限同样不得超过5年。由于未扣除的税费与未扣除的资产损失性质相似，因此这两项政策的追补确认期限都应保持一致，即均不超过5年。
