根据国税发[2008]88号文件第二条第一款第三项的规定，民办非企业单位需要缴纳企业所得税。该文件强调了通过税务登记信息来掌握其设立、经营范围等情况的重要性，并要求这些单位按照税法规定进行正常的纳税申报。此外，还加强了对非营利性组织资格的认定和年审工作，严格区分应税收入、不征税收入和免税收入，并对它们所对应的成本费用进行分别核算。
同时，国税函[2008]159号文件第五条进一步明确了税收公平和中性的原则。新企业所得税法及其实施条例改变了过去以独立核算为标准判定纳税人的做法，而是将所有形式的企业和取得收入的组织都确定为企业所得税的纳税人，包括国有企业、集体企业、私营企业、联营企业、股份制企业、中外合资经营企业、中外合作经营企业、外国企业、外资企业、事业单位、社会团体以及民办非企业单位等。
