企业设有异地分支机构的，在税务局批准的前提下，可以在总公司进行所得税汇算清缴。
具体规定如下：
总机构和分支机构按照规定，分月或分季分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税。年终后，总机构负责进行企业所得税的年度汇算清缴，统一计算企业的年度应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预算缴的企业所得税税款后，多退少补税款。
国家税务总局关于规范汇总合并缴纳企业所得税范围的通知（国税函[2006]48号）指出：
各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局：
为强化汇总、合并缴纳企业所得税（以下简称汇总纳税）的征收管理，现就规范汇总纳税范围的有关问题通知如下：
一、严格执行汇总纳税的有关审批规定。按照现行规定，汇总缴纳企业所得税必须经国家税务总局审批。各级税务机关要严格执行汇总纳税的有关审批规定，不得越权审批。凡越权自行审批汇总纳税或扩大汇总纳税范围的，必须予以纠正。
二、下列企业可按规定申请汇总纳税：
（一）国务院确定的120家大型试点企业集团；
（二）国务院批准执行试点企业集团政策和汇总纳税政策的企业集团；
（三）《中华人民共和国企业所得税暂行条例》及其实施细则规定的铁路运营、民航运输、邮政、电信企业和金融保险企业（含证券等非银行金融机构）；
（四）文化体制改革的试点企业集团；
（五）汇总纳税企业重组改制后具集团性质的存续企业。
三、非独立核算分支机构按照《中华人民共和国企业所得税暂行条例》及其实施细则的有关规定，由核算地统一纳税。对核算地发生争议的，分情况处理：
（一）总分机构均在一省范围内的，由省级税务机关明确纳税申报所在地；
（二）总分机构跨省市的，由国家税务总局明确纳税申报所在地。
