根据《国家税务总局关于增值税若干税收政策问题的批复》（国税函[2001]248号）的规定，增值税一般纳税人的棉花经营单位向农业生产者购进免税棉花时，可以依据农产品收购凭证上的收购金额按13%的税率计算抵扣进项税额。值得注意的是，这里的“棉花经营单位”并不包括良种棉加工厂和纺织企业。对于良种棉加工厂和纺织企业而言，直接从生产者手中购买的免税棉花应按10%的税率进行抵扣。
进一步地，《财政部、国家税务总局关于棉花进项抵扣有关问题补充通知》（财税[2001]165号）明确指出，自2001年7月1日起，所有增值税一般纳税人（涵盖良种棉加工厂及纺织企业）若直接向农业生产者购买免税棉花，均可按照购买价格以13%的比例来计算其进项税额。这意味着，在2001年7月1日之前，这些企业只能依据买价按10%的比例来计算进项税额；然而，从该日期之后开始，则可享受更高的抵扣率。
此外，需要特别注意的是，自2019年起，相关抵扣率已调整为9%和10%。
